Великая Отечественная войнастала и великим часом истины, когда проявился патриотизм. Несмотря не десятки тысяч репрессированных представителей  мусульманского духовенства, тысячи закрытых мечетей представители советской уммы исполнили свой патриотический долг.

В первую же пятницу (27 июня 1941г.) после начала наступления фашистов на территорию СССР мусульмане Ташкента, Самарканда, Бухары и других городов без всякого призыва и тем более без санкций вышли на площади к закрытым мечетям и организовали пятничную молитву. Эта была старая еще незабытая традиция — сразу в первую же пятницу после нашествия врага на страну читать благословляющие хутбы и молитвы «во здравие и победы падишаха страны» (падишахом, естественно, был назван Сталин) и с мольбой к Аллаху послать «погибель на голову врага». Так, по крайней мере, истолковал этот случай (как старую и незабытую традицию) один из старейших работников Среднеазиатского духовного управления мусульман Нодир-хон домулла (ум. в 1976 г.) в своем дневнике. Его не поразило то, что мусульмане молились «за здравие, за долговечную власть и победу падишаха», то есть за того, с чьим именем связаны репрессии. Нодир-хон домулла был удивлен тому, что мусульмане не забыли старой религиозной традиции, хотя уже одно поколение выросло в условиях отрицания религии, а само несанкционированное моление могло кончиться еще большими репрессиями. Авторы множественных вариантов докладов и рапортов об этом случае (в основном от НКВД) также были поражены этой, как записано в одном из рапортов, «скорее, положительной акцией с выражением верности к советской власти, вступившей в войну против фашистских интервентов».

15-17 мая 1942г. (впервые после 1926 г.) прошло совещание мусульманского духовенства округа Центрального духовного управления мусульман (ЦДУМ) в Уфе. Оно приняло «Обращение представителей мусульманского духовенства к верующим по поводу немецко-фашистской агрессии», где советских мусульман призывали «не жалея сил, сражаться на полях брани за освобождение великой Родины, всего человечества и мусульманского мира от ига фашистских злодеев».

Летом 1942-го года Советская армия отступила до Сталинграда и Кавказских гор. После побед 1943-го появилась возможность для дальнейшего развития государствеенно-религиозных отношений. В Ташкенте по предложению имама Эшона Бабахана для проведения Курултая (съезда) был создан подготовительный комитет, в который вошли видные богословы Узбекистана, Казахстана, Киргизии, Таджикистана, Туркменистана. К участию в работе подготовительного комитета были привлечены имеющие опыт организаторской работы авторитетные богословы России: председатель ЦДУМ шейх Габдуррахман Расули; мухтасиб г. Москвы, имам-хатыб Московской Соборной мечети Халил-Рахман Насретдинов и мухтасиб г. Казани, имам-хатыб Казанской мечети «Марджания» шейх Киям(етдин) Кадыров (аль-Кадыри).

Члены подготовительного комитета в течение августа-сентября 1943 года выезжали в области, города и кишлаки пяти республик для разъяснения создаваемого Духовного центра мусульман Среднеазиатского региона, а также для выборов делегатов на первый Курултай. Мусульмане региона настороженно относились к разъяснениям членов комитета, потому что многие из них или их родственники на себе испытали гнев атеистов и видели разрушительную силу коммунистической идеологии по отношению к последователям Ислама.

Политика воинствующего атеизма сменилась относительной религиозной терпимостью. Почувствовав перемены, Эшон Бабахан зимой 1943 года обратился к мусульманским общинам Средней Азии и Казахстана с призывом к объединению. Через председателя Президиума Верховного Совета Узбекской ССР Юлдаша Ахунбабаева Эшон Бабахан с группой религиозных деятелей начал переговоры с правительством СССР о создании Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана по типу ЦДУМ. 12 июля 1943 года последовало официальное обращение инициативной группы во главе с Эшоном Бабаханом к председателю Президиума Верховного Совета СССР М.И.Калинину. Вскоре инициатива о создании исламского духовного центра в Средней Азии была одобрена в Москве, и для его нужд власти вернули конфискованный в 1928 году дом Эшона Бабахана в махалле Хазрати Имам города Ташкента.

Почти одновременно с организацией САДУМ 4 сентября 1943 г. прошла встреча Местоблюстителя Патриаршего Престола Московского митр. Сергия (Страгородского), Ленинградского митр. Алексия (Симанского) и Киевского митр. Николая (Ярушевича) с председателемСовета народных комиссаров И.В.Сталиным. По ее результатам был организован Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 1943 года — первый собор РПЦ после собора 1917—1918 годов. В 1943 г. Собор единогласно избрал митрополита Московского и Коломенского Сергия патриархом Московским и всея Руси. 

По преданию, в июле 1943 года Эшон Бабахан был вызван в Москву. В Кремле состоялась его встреча сИ.В.Сталиным, который сам предложил Эшону Бабахану собрать Курултай мусульман и образовать Духовное управление в Ташкенте. Иосиф Виссарионович акцентировал внимание на том, что первоочередной задачей мусульманского сообщества должна была стать реальная помощь с его стороны в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками.

Первый Курултай (съезд) мусульманских улемов проходил 15-20 октября 1943 года в Ташкенте в доме Эшона Бабахана. На нём присутствовали 160 делегатов из республик Средней Азии и Казахстана. Курултай принял решение о создании Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана (САДУМ). Его председателем единогласно был избран шейх Эшон Бабахан ибн Абдулмажидхан. Одновременно ему был присвоен сан муфтия пяти республик.

Курултай принял Обращение ко всем мусульманам, в котором, в частности, говорилось: «Мы, мусульманские богословы и представители верующих Узбекистана, Таджикистана, Туркмении, Киргизии и Казахстана, от имени всех мусульман адресуем это Обращение вам, наши дорогие сыны и братья! Плечом к плечу со всеми народами сражайтесь, как храбрые львы, против нацистских захватчиков, уничтожайте ненавистных фашистов так, чтобы ни один из них не остался на нашей планете! Защищайте каждую пядь нашей земли и укрепляйте свои ряды железной дисциплиной. Мы призываем всех верующих молиться Аллаху и просить Его помочь нашим солдатам и ниспослать быструю победу над врагом».

Курултай принял решение о создании Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана – САДУМ. Председателем САДУМ единодушно был избран 85-летний шейх Эшон Бабахан ибн Абдулмажидхан с присвоением ему высокого сана муфтия пяти республик. Его заместителем избран Мурадходжа Солихий (Салихов), ответственным секретарем — сын Ишан Бабхана Зиевуддин Бабахан (Бабаханов). Было объявлено о создании следующих структур: Управление (Хайат) из 11 человек, Ревизионная комиссия (Тафтиш хайати) из 5 человек. В республиках созданы Кадийаты, председателями (кадий) которых были назначены упомянутые главы делегаций (в Узбекистане — З.Бабаханов). Было принято решение о создании в каждой республике региона представительства САДУМ во главе с казиями. Ими стали: Зияуддинхан ибн Эшон Бабахан – по Узбекистану, Абдул Гаффар Шамсутдин – по Казахстану, Салех Бабакалан – по Таджикистану, Олимхон Тура Шакир – по Кыргызстану, Анна Ишан – по Туркменистану.

В республиках Средней Азии было разрешено открыть более двухсот мечетей, большая часть которых реально стала работать только к концу войны. Одновременно определен штат служащих, подразделения внутри Управления (Отдел фетв, Отдел деятельности мечетей и др.). Позже при Управлении были основаны медресе Мир-и Араб (1946 г.) и Высший исламский институт (1971 г.).

За основу руководства в деятельности САДУМ были провозглашены Священный Коран и Сунна Пророка Мухаммада, мир ему и благословение Всевышнего. В Уставе САДУМ были утверждены права и обязанности Правления как высшего духовного органа мусульман Средней Азии и Казахстана, определены функции подразделений в центре и на местах. В Уставе также были определены следующие задачи:

– через официальные религиозные объединения, расположенные в Узбекистане, Казахстане, Кыргызстане, Таджикистане, Туркменистане управлять религиозными делами и обрядами;

– среди верующих проповедовать основы Ислама;

– решать отдельные сложные и конфликтные вопросы, касающиеся религиозных обрядов, через имамов-хатыбов разъяснять верующим указания по этим вопросам;

– воспитывать верующих в духе правдивости, честности, трудолюбия и законопослушности;

– вести борьбу среди духовенства и верующих против вредных обычаев;

– обнародовать фетвы по вышеперечисленным вопросам;

– издавать религиозную литературу;

– устанавливать связи с зарубежными мусульманскими организациями, знакомить братьев-мусульман зарубежья с духовной и светской жизнью мусульман пяти республик.

Правление САДУМа разместилось в доме Эшона Бабахана. Муфтий также передал созданной при правлении САДУМ библиотеке более тысячи книг и рукописей из своего собрания.

Муфтий Эшон Бабахан мобилизовал муфтият на целенаправленную работу по оказанию помощи фронту. Здесь организовывали сбор одежды для солдат и денежных средств для производства оружия, были инициаторами создания постоянного комитета для оказания материальной помощи и моральной поддержки семьям фронтовиков.

Таким образом, создание единого ДУМа для Центральной Азии стало частью политики советского государства по обеспечению единства советского народа в дни великой войны. Для советской уммы настали времена относительной свободы вероисповедания и терпимости.