В Кыргызстане процесс возрождения ислама начался, также как и в других республиках бывшего СССР, во времена «перестройки» (1985-1991 гг.) В этот период отношение к нему носило крайне двойственный характер.

С одной стороны, были провозглашены демократические права и свободы, в том числе и свобода вероисповедания, которые привели к появлению массового интереса к религии. Можно даже говорить, что наступила своего образа «оттепель» для религиозных деятелей. Так, в информационном отчёте от 1 июля 1989 г. уполномоченного по делам религий по Киргизской ССР говорилось следующее: «… только в 1989 г. в адрес местных и вышестоящих советских органов после IVсъезда мусульман Средней Азии и Казахстана в Ташкенте (март 1989 г.) резко увеличилось число обращений мусульман с просьбой о регистрации и открытии новых мечетей, поступило более 30 заявлений, в основном, из городов и сёл Ошской области на открытие мечетей, даже из тех населённых пунктов, где, по имеющимся сведениям, не было религиозных организаций». Число же посещающих мечети достигало в тот период от 50 до 500 человек в будние дни, и более тысячи в пятницу и праздничные дни, а по городу Ош свыше 3000 человек на одну мечеть. В Джалал-Абадской области в селе Кербен в этот период были организованы вечерние курсы по изучению Корана, которые в основном посещали мальчики 12-16 лет. Обучение вели приезжие муллы из соседней Наманганской области Узбекской ССР. Отношение партийно-государственного аппарата республиканского уровня того периода можно охарактеризовать таким образом, что чиновники смотрели буквально «сквозь пальцы» на возрождение ислама в стране. Не было его открытого признания, но и не было противодействия при строительстве мечетей, организации культурно-религиозных мероприятий.

С другой стороны, вывод советских войск из Афганистана, и, как следствие, опасения появления религиозно-экстремистских течений на территории СССР, спровоцировали введение мероприятий, направленных на укрепление в обществе атеистических настроений. Так, в январе 1987 г. начала свою работу комиссия по изучению практики проведения свадебных, похоронных и семейно-бытовых обрядов, с целью оказания помощи комсомольским и партийным советским органам, общественным организациям в противодействии росту религиозности. Одним из ответственных была назначена президент переходного периода в Кыргызстане Роза Отунбаева. Было также принято решение о возобновлении выпуска ежемесячного журнала «Атеист». Целью издания была критика ислама и разоблачение мулл, не окончивших признанные государством религиозные учебные заведения. В каждом номере журнала «Чалкан» начали публиковаться сатирические материалы на антирелигиозные темы. Аналогичные материалы стали выходить в печать и в таких газетах и журналах как «Ала-Тоо», «Литературный Кыргызстан» и «Кыргыз маданияты» («Кыргызская культура»). Было организовано 40 передвижных клубов «Атеиста», к работе которых привлекались врачи, учителя, работники других сфер народного хозяйства. Была также усилена работа по выявлению незарегистрированных религиозных организаций, чья деятельность в обязательном порядке прекращалась. Обкомам, райкомам, горкомам и исполкомам поручалось выявлять «святые места» паломничества местных жителей и принимать меры по противодействию такого рода проявлениям религиозности.

Таким образом, в указанный период на ислам действовали две противоположные силы – с одной стороны демократизация и гласность, позволявшая ему развиваться, а с дугой – по инерции продолжали действовать советские законы и механизмы в отношении религии, которые ставили на пути ислама определённые препятствия.

В целом указанный период с 1985 по 1991 гг. можно охарактеризовать как период легализации ислама среди населения, возвращение мусульманских ценностей в жизнь народов Кыргызстана, утверждение ислама в общественной жизни.

Второй период в развитии ислама в республике охватывает 1991-2005 гг.

В 1991 г. Духовное управление мусульман Мавераннахра, реорганизованное из Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана, прекратило своё существование и распалось на самостоятельные муфтияты: Кыргызстана, Казахстана, Узбекистана, Туркменистана и Таджикистана.

  Весной 1991 г. состоялся первый учредительный съезд мусульман всех национальностей республики – был создан Исламский центр Республики Кыргызстан. В июне того же года учреждён духовный благотворительный фонд «Туркестан».

16 декабря 1991 г. был принят закон «О свободе вероисповедания и религиозных организациях», который окончательно положил конец плотному государственному контролю и регулированию религиозной сферы со стороны государства. Эту дату можно считать точкой отсчёта развития официально признанного ислама.

В 1993 г. был создан самостоятельный высший духовный орган мусульман Кыргызстана – Муфтият, преобразованный в 1996 г. в Духовное управление мусульман Кыргызстана (ДУМК). 26 декабря 1996 г. прошёл IКурултай мусульман республики, в котором приняли участие свыше 450 делегатов, и где был утверждён устав ДУМ Кыргызстана. В это время также был утверждён Совет улемов, в который вошли 25 видных исламских деятелей республики. Должность главы мусульман республики должен был выполнять Азрети Муфтий.

В этот период происходило формирование мусульманских общин и возрождение института исламского духовенства. Также было сформировано ДУМК (Духовное управление мусульман Кыргызстана), его областные (казыяты), районные и сельские подразделения. Формирование мусульманского духовенства в республике в рассматриваемый период происходило в основном из числа уже имевшихся молдо-самоучек, и лишь считанные представители духовенства тогда имели религиозное образование, т.к. подготовку кадров в советский период проводили исключительно лишь бухарское медресе «Мир-Араб» и Ташкентский Исламский институт. «Кадровый голод» восполнялся постепенно, в основном за счёт молодёжи, обучавшейся в странах Ближнего и Среднего Востока. Но в первые годы независимости количество молодёжи, желавшей получить религиозное образование, было всё же мало. В последующем это привело к двояким результатам: с одной стороны постепенно решался кадровый вопрос, но с другой, выпускники зарубежных исламских образовательных учебных заведений часто привозили с собой подчас радикальную догматизированную идеологию, что в будущем отразилось как на качестве преподавания основ ислама в мечетях, так и на дезинтеграции внутри духовенства по идеологическому фактору.

Возвращение ислама в жизнь народа Кыргызстана, его развитие происходило параллельно со становлением независимого государства. Соответственно, на нём отразились и потрясения, пережитые республикой. В периоды наиболее сильных перемен особо возрастало количество верующих, которые искали в религии опору в несправедливом мире. Срабатывал принцип, что в периоды социальных, экономических и политических кризисов роль религии заметно возрастает, в периоды же стабильности и устойчивого роста, наоборот, снижается.

Но повальное стремление к возрождению ислама привело к увлечению активным строительством мечетей по всей республике, часто без учёта потребности в них. Часть мечетей, особенно в сельской местности, возводилось методом «ашара» - всем селом из материалов, которые удавалось достать либо сделать самим. При этом не часто новые строения отвечали сейсмическим, противопожарным требованиям. Это привело в дальнейшем к закрытию наименее надёжных в плане устойчивости мечетей. Так, по данным исследований, проведенных в 2004 г. О.Мамаюсуповым, К.Мурзахалиловым и К.Маматалиевым «в городе Ош – 33 мечети, в Ноокатском районе – 114, в Кара-Суйском районе – 92 мечети не соответствуют требуемым нормам и подлежат реконструкции, 10 из них подлежат сносу или реабилитации, а в Ляйлекском районе Баткенской области 37 мечетей – не сейсмостойкие. Аналогичная картина наблюдается и в других регионах республики».

Активному строительству мечетей способствовала спонсорская помощь различных фондов, в основном из арабских стран. Но столь значительное увеличение количества мечетей часто не покрывалось притоком новых кадров из-за рубежа и выпускниками республиканских исламских институтов и медресе. Таким образом, в новых мечетях нередко проповеди вели муллы-самоучки, что сказывалось и на «качестве» объяснения ислама. В последующем (2003 г.), когда было проведено исследование, стало ясно, что из 1580 имамов документы об окончании высшего духовного заведения имели  лишь 66 человек (4,18%). Дипломы о среднем духовном образовании имели  81 человек (5,13%).  Причём исследование также выявило, что больше всего имамов-самоучек работало в наиболее исламизированных областях Кыргызстана: в Джалал-Абадской – 98,1%, Ошской – 97,2%.

Нельзя также не отметить той положительной роли, которую сыграли различные исламские фонды в плане помощи социальноуязвимым слоям населения. Ими для сельских жителей бурились колодцы, матерям детей-сирот выдавались кредиты для открытия собственного дела. На ежегодные праздники Орозо и Курман айт ими раздаётся плов, мясо, продукты питания и одежда.

Все эти мероприятия (строительство мечетей, обучение молодёжи исламу за рубежом и в самой республике) способствовало количественному приросту числа верующих, которые стали регулярно посещать мечети. При этом доля молодёжи среди них составляет более 50%.

По словам специалиста по исламу в Кыргызстане Н. Курбановой, «сегодня религиозной ситуации в республике присуще резкое увеличение численности тех, кто считает себя мусульманами, небывалый рост числа мечетей, значительное увеличение количества исламских образовательных учреждений и студентов в них. Так, в 2008 г. функционировало 1648 мечетей (сейчас более 2000), 1800 исламских организаций, 1 университет, 6 институтов, 45 медресе по изучению Корана, 3 миссии зарубежных конфессий, 26 центров, фондов и объединений, тогда как в 1991 г. было всего 39 соборных мечетей (около 1000 мечетей действовали без получения официального статуса). В разрезе по регионам больше всего мечетей функционировало в Ошской области – 545, тогда как до 1989 г. на территории данной области действовало только 10 зарегистрированных мечетей».

С 2005 г. можно говорить о начале нового этапа в развитии ислама в Кыргызстане. Если в 1985-1991 гг. главным вопросом была борьба за функционирование мечетей, в 1991-2005 гг.  на первый план вышла потребность в количественном увеличении как мечетей, так и посещающих их. С 2005 г. под влиянием бурных политических изменений в стране на повестку дня вышла идея о необходимости «качественного» обновления кадрового состава имамов мечетей, борьба с коррупцией при организации хаджа и противодействие экстремистским организациям.

С 2005 по 2007 гг. на глазах у всей страны шла настоящая «война» между тогдашним муфтием Мураталы ажы Жумановым и «мусульманской оппозицией», которая требовала его отставки за якобы махинации при распределении средств от благотворительности. Имелись и другие обвинения, касавшиеся практически всех сфер деятельности муфтията.

В 2005 г. также были зафиксированы первые попытки мобилизации мусульман республики на парламентские и президентские выборы.

В 2007 г. появилась инициативная группа мусульманских «лидеров», которые заявили о том, что они вмешаются в противостояние сторонников президента К.Бакиева и бывшего премьер-министра Ф.Кулова, и встанут между ними. Эксперты Института стратегического анализа и прогноза (ИСАП) тогда писали, что появление группы людей, пусть и центристских позиций, между властью и оппозицией, могло привести к провокациям и конфликту, в который невольно были бы вовлечены мусульмане страны. В этом случае дальнейшее развитие ситуации было бы трудно предугадать».

В том же 2007 г. в период обсуждения новой редакции конституции ряд мусульманских деятелей попытался вынести на обсуждение свой проект основного закона страны. В результате буквально подковёрного силового принятия конституции парламентского государства из текста основного закона исчезли характеристики государства как «светского». Лишь дальнейшая политическая борьба и фиаско парламента во главе с О.Текебаевым и его конституцией привели к принятию президентского варианта основного закона страны, в который была возвращена норма о  «светском» характере государства.

После 2007 г. использование политиками исламского фактора пошло на спад. Исключение составляют лишь попытки некоторых политиков и партий использовать мусульманский фактор для улучшения собственных результатов во время выборов.

Таким образом, на основе вышеизложенного становится понятно, что мусульманская умма Кыргызстана в настоящий момент не только имеет возможности для предъявления своих прав на участие в политической жизни. Но она также нуждается в глубоком реформировании с целью недопущения использования её в целях отдельных политиков.

Думается, что реформа ДУМ Кыргызстана, провозглашённая и вот уже больше года проводимая в жизнь нынешним Верховным муфтием Чубаком ажы Жалиловым сможет стать тем объединяющим мостом для представителей разных идеологических течений во внутриреспубликанском исламе, который сможет направить в конструктивное русло энергию верующих, и реорганизовать саму структуру ДУМ Кыргызстана, работу имамов, с тем, чтобы изжить коррупцию в среде священнослужителей и повысить «качество» преподавания ислама.